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Bio-informaticien

27/11/2014
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L'ADN, une fois déchiffré, c'est beaucoup de A, de T, de C, de G...

Les progrès spectaculaires de ces dernières décennies dans le domaine de la biologie génèrent une quantité énorme de nouvelles données scientifiques et des résultats informatisés de plus en plus complexes. Il est devenu urgent de former de véritables spécialistes des sciences biologiques et informatiques : les bio-informaticiens.

Ces scientifiques créent, développent et améliorent des programmes pour stocker, classer et analyser des données biologiques, modélisent des molécules ou des systèmes biologiques pour améliorer leur compréhension… à des fins médicale, environnementale ou encore agroalimentaire.

photo: Marc Robitaille


Simon Hardy, bio-informaticien

Simon Hardy est chercheur depuis 2011 au Centre de Recherche de l’Institut Universitaire en Santé Mentale de Québec. Il enseigne également la bio-informatique au Département de biochimie, microbiologie et bio-informatique de l’Université Laval.

Pourquoi avoir choisi la bio-informatique ?
Pendant mon baccalauréat en génie informatique, un professeur recherchait un stagiaire de recherche en bio-informatique pour l’été. Ça a piqué ma curiosité et j'ai postulé. Après ce stage, j’étais accro ! Cela répondait parfaitement à mes intérêts. Faire de l’informatique seulement pour faire de l’informatique ça ne m’excitait pas réellement.

En quoi consiste ton travail ?
À l’aide d’équations et de méthodes informatiques, j’essaie de bâtir des modèles théoriques de systèmes biologiques cellulaire ou moléculaire. Je crée des systèmes qui, lorsque je les stimule, me permettent de voir comment ils se comportent. Je compare ensuite le modèle aux résultats expérimentaux. Mon travail est un outil pour les biologistes, je les guide pour leurs expériences futures.

Qu’apprécies-tu le plus dans ton métier ?
Participer à la découverte scientifique, c’est vraiment exaltant ! On découvre peut-être quelque chose pour la première fois ! C’est ce qui m’a conquis dans la science.

Qu’est-ce que tu aimes le moins ?
Le temps passé à écrire des demandes de subventions plutôt qu’à avancer dans mes recherches.

Quelles sont les qualités importantes pour devenir un bon bio-informaticien ?
Il faut aimer la multidisciplinarité. L’informatique et la biologie sont à priori assez éloignées et requièrent des aptitudes différentes. J'interragis presque quotidiennement avec des physiciens, des mathématiciens, des médecins; ça nourrit ma créativité scientifique !

Ne pas avoir étudié en biologie a-t-il été un handicap ?
Il faut faire des efforts, ça n’a pas été simple au début. J’ai réalisé une grande part d’auto apprentissage, pas forcément reconnue. Au début du post-doctorat, j’ai dû assister à un cours général de biochimie et de biologie cellulaire.

Quelle relation entretiens-tu avec les biologistes ?
À mes débuts, je n’avais pas le même niveau qu’eux, mais j’avais mes propres compétences théoriques, pour lesquelles ils n’étaient pas formés. Il faut établir un lien de confiance, c’est primordial d’utiliser le même langage.

Débuter une carrière de chercheur est-il difficile ?
Je dirais que c'est un beau défi. Il faut être multitâche, il y a beaucoup de nouvelles choses à apprendre. En ce qui me concerne, faire des demandes de subventions, superviser une équipe…

Quel est le projet de recherche dont tu es le plus fier ?
Pendant mon post-doctorat, j’ai prédit, grâce à un modèle informatique, l’implication d’une protéine dans le système de régulation des cellules du rein. Les biologistes connaissaient cette protéine, mais n’avaient jamais pensé qu’elle pourrait avoir un rôle majeur. Ils ont réalisé l’expérience et les résultats ont démontré que mon modèle était juste !

Une aventure inoubliable dans ta carrière ?
Quand j’ai obtenu les résultats du projet sur les cellules du rein, je participais à un atelier à l’étranger ! J’ai pu diffuser l’information lors de ma présentation devant d'autres chercheurs au fur et à mesure que je la recevais. C’est un moment significatif de ma carrière !

Cette discipline est très récente, penses-tu qu’elle ait un bel avenir ?
Oui, la bio-informatique va devenir essentielle pour la recherche. En science biologique, on génère tellement de données que cela nécessite des spécialistes.
Une journée dans la vie de Simon

Simon Hardy arrive au centre de recherche de l’Institut Universitaire en Santé Mentale vers 9 heures. Il commence par consulter ses courriels et lire des publications scientifiques pour se tenir à jour. Il part ensuite à la rencontre des deux étudiants à la maîtrise qu'il dirige et de son stagiaire pour faire le point sur l’avancement de leur projet. Aujourd’hui, un de ses étudiants rencontre un problème avec un logiciel que le bio-informaticien connait bien, il peut alors lui apporter son aide.

Simon va ensuite faire lui aussi de la programmation, réaliser des recherches sur ses différents projets et analyser des données. Il doit notamment écrire un code informatique pour lancer une simulation sur un système de neurones étudiés à l’Institut.

Il se rend ensuite à l’Université Laval pour assister à une réunion de comité où il discute avec ses collègues des problèmes du département et décide des nouvelles embauches. Simon finit sa journée en assistant à un séminaire pendant lequel un chercheur présente ses travaux.

Vers 17 heures, le bio-informaticien rentre chez lui. Comme deux ou trois fois dans la semaine, l’enseignant se remet au travail vers 20 heures et prépare le cours de bio-informatique qu'il doit donner.
Sur les bancs d’école…
Lorsque Simon Hardy a commencé ses études, la bio-informatique était nouvelle. Il a réalisé un baccalauréat, une maîtrise et un doctorat en Génie informatique à l’École Polytechnique de Montréal. C’est pendant son doctorat qu’il s’est tourné vers la bio-informatique. Il a ensuite réalisé un stage postdoctoral au Systems Biology Center à New York et il a eu l’occasion de travailler 1 mois au National Center for Biological Sciences en Inde.

Au Cégep :
DEC en Sciences de la nature ou tout autre DEC connexe comprenant des cours de mathématiques, physique, chimie, biologie et programmation informatique (dépendamment de l’Université visée).

À l’Université :
Un baccalauréat en bio-informatique. L’Université Laval à Québec et l’Université de Montréal offrent cette formation.
Une maîtrise en bio-informatique offerte à l’Université de Montréal. Il est possible de réaliser une maîtrise dans des disciplines connexes (informatique, biochimie…) à l’Université Laval à condition de réaliser son stage en bio-informatique.
Pour devenir chercheur en bio-informatique, il faut par la suite réaliser un doctorat et un post doctorat à l’étranger.

Et après ?
Les perspectives de carrière sont nombreuses et variées et la demande en bio-informaticien est grande. Le bio-informaticien peut travailler dans différents domaines comme la santé, l’agroalimentaire, l’environnement (agriculture, pêches, forêts)…
Les employeurs potentiels sont nombreux : centre de recherche des milieux hospitaliers et universitaires, entreprises bio-informatiques et informatiques, industries pharmaceutiques, biomédicales et de biotechnologies, entreprises privées de recherche médicale, entreprises agroalimentaires…
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